1937年3月中旬的康龙寺之战后，西路军再也没法坚持了。
徐向前、陈昌浩收拾残余部队，连夜向山里行军，在石窝子召开高级干部会议。
大家都伤心落泪，但敌人紧追不舍，再打下去就会全军覆没，必须要拿个主意，否则只有等死。
陈昌浩召集军政委员会议，提出“化整为零，分散活动”，大家一致同意：这样目标小，总有能活着回去的。
参与会议的程世才将军，是这么回忆当时部署的：
一、现在是打不过敌人，只能分散活动，保存点力量，待援西军过黄河后再去会合。
二、军队只剩这么多人，昌浩、向前离开部队回陕北去，保住革命火种。
陈昌浩提出来后，徐向前反对离开，还要与部队一起走，死也死在一起。
当时各干部同意（陈、徐）离开部队，减少目标。
不过干部同意不是主要的，决定权在陈昌浩，最后陈昌浩决定，他与徐离开部队。
三、具体的任务分配，是兵分两路。
1、将30军剩下的1000人编为左支队，由程世才和李先念等人带着打游击，总部直属队的大部分干部与30军一起；
2、将九军剩下300多步兵和100多骑兵编为右支队，由王树声和朱良才带着打游击，剩下的干部跟着他们。
这时候真是惨痛到极点，大家都在流泪，为革命事业和军队存亡难过。
西路军失败后，部队被打散了。
幸存的红军有的合成大股，有的零星活动，各奔前程，可等待他们的，是一条充满艰难险阻和生死未卜的道路。
根据石窝会议决定，西路军副总指挥王树声和参谋长李聚奎、九军军长孙玉清，带九军残部四百余人走一路。
总部机关干部随红30军政委李先念、军长程世才，以及30军剩下的一千三百多人走一路。
分开行动那天，孙玉清、李聚奎带着一架电台和几个工作人员，向敌人后方插去，想用电波吸引敌人主力，好让大部队突围。
可在在向东南行军时，电台人员掉了队，遇见马家军搜山。
队长刘俊英，机务员刘玉庭、黄良诚、曾庆良都被俘。
军长孙玉清也没能走出去，在山里转了十几天，因为带着伤走不动，终被搜山的马家军俘获。
他被押送到酒泉的马家军298旅驻地，旅长马步康问：“你当什么官？”
孙玉清答：“没有当官。”
于是他与其他被俘的红军战士关在一起，可不幸的是，不久敌人查出了孙军长的身份。
马步康听说红军的军长落到他手里，大喜过望，遵照马步芳的指示，将孙玉清押往西宁。
5月中旬，孙玉清被押解到西宁，马步芳在省政府会见了他。
据当年在场的国民党《青海日报》社记者陈秉渊回忆，马步芳设宴企图诱降孙玉清。
马问：“你是孙军长？年纪轻，有多大？”
孙答：“二十八岁。”
马问：“你为什么参加红军？哪时当军长？”
孙答：“我是十九岁那年在湖南参加，自小劳动，家很穷。参加红军后在湖南、云南一带作战，逐级提升上来的。”
问：“你怎么为我们俘虏过来了？”
答：“弹尽援绝，身陷绝境。”
问：“有了子弹，你还要干？”
答：“是的，红军上战场离不开枪，干是红军的军纪。”
这时，在座的师长马忠义插话：“倪家营子我们损失惨重，三流沟、梨园堡的战斗，伤亡都很大。就是活捉他时，也伤亡了两个多排。”
孙玉清悲愤地说：“我军强渡黄河，进行西征，不幸就走上了一条绝路。粮弹都缺，补给中断，没有后方，地理又生疏。战略上错误，战术上就起不到大的作用。被俘是很不幸，愧对已牺牲的战友们。”
马步芳问：“你是军长，我也是军长。今天你被俘，还有什么话可说？”
孙答：“我干的是正义的革命事业，既被俘，有话说不尽，自有后继人。”
他拒绝与马步芳等同桌共饮，马步芳只好叫人把他带走，向蒋介石请示处理办法。
蒋介石回电：“按危害民国罪，处以极刑。”
不久，孙玉清就被秘密杀害了。
西路军两万多将士，被马家军俘虏的约有6000多人。
他们有在历次战斗中，负伤后掉队和被就地安置的；有在祁连山中分散活动时，被搜山的敌人捉住的；还有在返回陕北途中，在甘州、凉州一带被马家军截获的。
一旦被俘，等待他们的是非人的折磨和无尽的苦难。
据新中国成立后一份调查材料说：这些被俘的西路军战士押解到西宁后，分别关在西宁周围的军马处、东校场、乐家湾等几个地方。
马步芳对这些红军一是屠杀，二是强迫做苦工，三是“感化”，让这些红军为他所用。
屠杀主要针对受伤或病弱的红军战士，以及部分高级红军指战员。
马步芳将25岁以下的3000多名红军，编入自己的部队，称为“补充团”。
“补充团”主要任务是从事重体力劳动，为马步芳修桥开路，伐木盖房，开矿开荒从事生产。
他们先后开通了民和至西宁的公路，修建了湟水大桥和张掖机场，在循化、化隆开垦了大片荒田。
还有的被分到马步芳的义源工厂，为马家军生产军需用品，还有的被分到煤矿挖煤。
“补充团”的军官都由马家军担任，是一帮折磨人的恶魔，他们对红军战士进行强迫劳动和各种摧残。
在修公路时，每天劳动长达十几小时，动作稍慢，军官就是一顿毒打；雨天不能施工，还要去搬石头，不准休息。
在修张掖至西宁的公路时，要越过海拔3700米的山梁，严寒的气候冻伤了许多红军。
但马家军不肯为他们治病，更不肯改善一点生活条件，而是毫无人性地砍掉红军冻伤的脚趾头。
这些红军在青海做苦工受的折磨，是常人难以想象的，不知有多少人在苦难中含恨死去。
就连马步芳自己也不否认这些事实，他对部下训话时说：“大家在任何战斗中，如不为团体拼命到底，一旦被人所俘，将来难免不受今天补充团这样的待遇。”
1938年国民党当局向青海征兵，马步芳将“补充团”的2400人，代替本地人送到兰州，编入第八战区。
这些红军战士脱离了马步芳的魔爪，被送到了西安地区，但胡宗南听说这些壮丁是红军西路军人员，心中害怕不想要。
八路军驻西安办事处，闻讯后立即进行交涉，终于使这些受尽苦难的同志们，回到了陕北革命根据地。
至于马步芳所谓的“感化”，能有这种待遇的是很少一部分人，往往是技术性人才。
原9军通讯人员黄良诚、刘玉庭、曾庆良等被俘后，敌师长马彪对他们说：“你们干事的人（指技术人员）到哪里不一样？你们不要怕，不为难你们，即使捉到徐向前也不为难他，上面有命令。”
他们被押到西宁后，就被编入马步芳的电台工作，还有点行动自由。
曾庆良在西宁还找到了失散的妻子，两人终于设法团聚了。
马步芳原想“感化”这些人为他服务，但这些红军干部都不屈服，经常用电台收听陕北的消息。
后来国民党有命令，要把所有红军干部转送南京，他们也坚决要求离开青海。
后来他们被转到兰州国民党监狱，当时正是国共合作，国民党对这些红军不敢怎么样。
在中共代表张文彬和党组织营救下，他们在被押送到平凉时，终于脱身逃回援西军总部，受到刘伯承司令的热烈欢迎。
而西路军女战士的遭遇，更是一幕催人泪下的惨剧。
在红军各部队中，西路军的女战士最多，组成了一个妇女团。
再加上政治部从事宣传工作的新剧团、后勤部医院的女同志，过黄河时约有1300人。
妇女团团长王泉媛、政委吴富莲，都是从一方面军调来的干部。
在河西走廊的激战中，妇女团与其他部队一样作战。
临泽突围时牺牲了200多人，倪家营子近一个月的血战，妇女团伤亡多达600余人，几乎拼光了。
康龙寺之战，妇女团与总部失去联系，被马家军打散了。
王泉媛带着剩下的女红军在山里转来转去，躲避马家军搜索，最终不幸被俘。
这些女红军战士在关押期间，不断受到马家军的压迫和凌辱，许多女兵都被分给马部军官。
但党中央一直没忘记他们，在西路军流散人员陆续返回陕北后，中央也积极对西路军人员进行营救和帮助。
周恩来在西安多方寻求关系，希望二马与红军停战，并托人向马步青转达口信，希望马家不要伤害红军。
在周的努力下，又恰逢国共二次合作的大局面，马家军不敢一意孤行，对西路军俘虏的迫害终于有所收敛。
在国民党统治区域内，中央利用统一战线的背景，开展了有效的寻找和营救工作，将被关押的红军转往西安。
而被俘的西路军战士也积极自救，经常将队伍零零散散地拉开。
几里地长的队伍，国民党兵也看不过来，一会掉队一个，一会不见一个，那些偷偷跑掉的战士就跑到了游击区。
西路军失败后的一年内，通过各种途径陆续回到陕北根据地的，约有6000余人。
流落在青海和河西走廊，活到新中国成立后的约有1000多人。
西路军过河时的21000人，至少有一多半长眠在祁连山下的荒原上，这是红四方面军历史上遭受的最大损失。
但西路军并没有全军覆没，李先念等人凭借顽强的毅力，终于打穿河西走廊，把西路军剩余的420人带到了新疆。
这下留下来的火种，在后续的革命解放事业中，发挥了巨大的作用。
而对人民和红军犯下滔天罪行的马家军，也在解放战争中被我军彻底碾碎！
